神经外科在苏中苏北地区率先开展脑起搏器（DBS）治疗帕金森病、特发性震颤、肌张力障碍，手术量位于省内前列；开展的“微血管减压术（MVD）”是目前能够根治三叉神经痛、舌咽神经痛、面肌痉挛，同时保留神经功能有效的首选方法；率先在南通地区开展“经皮穿刺短时程神经刺激术”治疗带状疱疹相关神经痛；是目前南通地区仅有开展药物难治性癫痫手术治疗的单位，手术量位居南通地区前列。常规开展脑肿瘤、脊髓肿瘤手术以及重型颅脑损伤、高血压脑出血手术；脑外伤危重症监护及脑外伤后神经功能重建和康复治疗。

科室设备齐全，拥有STORZ神经内镜、LEICA手术显微镜、MAYFIELD头架、LEKSELL立体定向头架、蛇牌开颅动力系统、各类神经显微手术器械等。

科常年聘请复旦大学附属华山医院专家来院指导，先后完成了市级科研课题5项，获得市新技术引进三等奖3项，国家实用新型专利2项。