神经内科是国家二级癫痫中心、南通市临床重点专科。

常规开展各种类型的癫痫及癫痫持续状态、脑卒中（中风、脑梗死、脑出血及各种后遗症）、帕金森病、头痛、头晕、失眠及各种睡眠障碍、认知障碍（痴呆）、周围神经病、面神经麻痹（面瘫）、三叉神经痛等多种神经痛、各种类型脑炎、神经炎、肌炎、脊髓炎、格林巴利综合征、多发性硬化等疾病治疗。

科室三大专业组——癫痫组是医院国家级癫痫中心核心组成部分；帕金森病诊疗组开展的药物和手术综合诊疗在江苏省名列前茅；卒中组为卒中患者提供专业化程度更高的高质量医疗服务。为区域癫痫、帕金森病、卒中的诊治起到一定带动作用，造福周边广大患者。